Dès l’âge de onze ans, Jean-Paul Salomé décide de devenir réalisateur mais ce n’est qu’après avoir passé un baccalauréat scientifique et étudié le cinéma à l’université Sorbonne Censier qu’il arrête ses études et travaille comme stagiaire avec Claude Lelouch, qui l’engage sur le tournage de son film Les Uns et les autres.
Il réalise par la suite deux documentaires "L’Heure d’aimer" en 1983 et La Petite Commission en 1984, tous deux sélectionnés dans de nombreux festivals. Après une première expérience du long métrage pour la télévision, il met en scène Les Braqueuses (1993).
Cinq ans plus tard, il signe Restons groupés, l’histoire d’un groupe de touristes français perdu en plein milieu des Etats-Unis. En 2000, il réalise une nouvelle version cinématographique du mythe de Belphégor : Belphégor, le fantôme du Louvre. En 2004 il signe une version revisitée du mythe du gentleman cambrioleur Arsène Lupin, puis en 2007, Les Femmes de l'ombre. Le Caméléon, tourné aux Etats-Unis, sort en salles en 2010. Son dernier Son dernier long-métrage Je fais le mort est sorti en salles en décembre 2013.
Président de L’ARP de 2007 à 2009, Jean-Paul Salomé est réélu à ce poste, de 2011 à juillet 2012.
Le 31 janvier 2013, il est élu Président d’UniFrance.