Au XVIe siècle. Le prieur des Cordeliers, malade, et son médecin, Sébastien Théus, rentrent à Bruges. Théus, qui est en fait un alchimiste plus connu sous le nom de Zénon, est recherché par l'Inquisition, qui a déjà fait brûler ses ouvrages un peu partout en Europe. Zénon trouve refuge chez son vieil ami et confrère Myers. Hélas, Catherine, la servante, a la mauvaise idée de s'éprendre de lui. Elle tue Myers, dont toute la fortune revient bientôt à Zénon. Celui-ci, devenu riche, prend en charge les malades qui affluent au dispensaire des Cordeliers. Il passe d'autant moins inaperçu qu'il refuse de livrer les supposés hérétiques et omet de dénoncer les jeunes moines qui, dans les souterrains, tentent d'oublier ensemble leur misère sexuelle... Le passé de Zénon est régulièrement évoqué. Le comportement des moines est dévoilé et Cyprien dénonce Zénon, dont le procès s'ouvre alors. Refusant de se rétracter, comme le lui recommandent des ecclésiastiques, il se donne la mort dans sa prison, par une nuit d'hiver.