Shaun est un petit mouton futé qui travaille, avec son troupeau, pour un fermier myope à la ferme Mossy Bottom, sous l’autorité de Bitzer, chien de berger dirigiste mais bienveillant et inefficace. La
vie est belle, globalement, mais un matin, en se réveillant, Shaun se dit que sa vie n’est que contraintes. Il décide de prendre un jour de congé, avec pour cela un plan qui consiste à endormir le fermier. Mais son stratagème fonctionne un peu trop bien et il perd rapidement le contrôle de la situation. Une chose en entraînant une autre, tout le troupeau se retrouve pour la première fois bien loin de la ferme et plus précisément : dans la grande ville.
Comment survivre en ville quand on est un mouton ? Comment éviter d’être reconnu et donc échapper aux griffes acérées de Trumper le terrifiant responsable de la fourrière ?
Cette plongée urbaine sera pour le troupeau une course à 100 à l’heure, pleine d’aventures incroyables où Shaun va croiser la route d’une petite chienne orpheline Slip, qui rêve d’avoir des parents et lui fera réaliser qu’il serait finalement bien plus heureux avec sa famille de moutons, à la ferme…