Frédéric Fonteyne est né en 1968 à Bruxelles. Passionné de littérature, de dessin et de peinture, il entreprend des études de réalisation à l’IAD en Belgique. Frédéric Fonteyne réalise plusieurs courts-métrages primés dans de nombreux festivals : Bon anniversaire Sergent Bob (1988), Les Vloems (1989), La Modestie (1991) et Bob le déplorable (1993). Depuis ses débuts, il collabore pour ses scénarios avec l’écrivain et dramaturge Philippe Blasband. Son premier long-métrage Max & Bobo (1997) réunit Jan Hammenecker et Alfredo Pea, et obtient entre autres le grand prix du festival de Mannheim-Heidelberg. Son deuxième long-métrage Une liaison pornographique (1999) avec Nathalie Baye et Sergi López est projeté à la Mostra de Venise où Nathalie Baye obtient le prix d’interprétation féminine. Pour son troisième film, il adapte le roman de Madeleine Bourdouxhe, La femme de Gilles (2004) avec Emmanuelle Devos, Clovis Cornillac et Laura Smet, également projeté à la Mostra de Venise où il obtient le prix art et essai.

Son quatrième long-métrage Tango libre réunit François Damiens, Sergi López, Jan Hammenecker et Anne Paulicevich.

Tango libre est également sélectionné à la Mostra de Venise 2012 et y a reçu le Prix spécial du jury Orizzonti. Quelques mois plus tard, le film remporte le grand prix du festival de Varsovie.

Frédéric Fonteyne dirige également régulièrement des laboratoires d’acteurs et de réalisateurs dans des écoles de cinéma et de théâtre en Belgique et en France.