L'histoire de "Khamosh Pani", basée sur des faits réels, débute en 1979 alors que le Pakistan s'engage sur la voie de l'islamisation après le coup d'Etat du général Zia. Elle relie le destin d'une femme et l'évolution politique du Pakistan aux cours des vingt-cinq dernières années.
Nous sommes en 1979, à Charkhi, un petit village du Pendjab pakistanais.
Aïcha est une femme épanouie d'une quarantaine d'années qui ne parle jamais de son passé. Depuis la mort de son mari, son fils de 18 ans est au coeur de son existence. Salim, garçon gentil, doux et rêveur, est amoureux de Zoubida.
Au Pakistan, le général Zia-ul-Haq vient de prendre le pouvoir et d'instaurer la loi martiale. Le pays s'engage sur la voie de l'islamisation. Salim se met à fréquenter un groupe de fondamentalistes musulmans. Zoubida est peu à peu délaissée par son amoureux, tandis qu'Aïcha s'inquiète de voir son fils brutalement changer.
Les événements se précipitent avec l'arrivée des Sikhs venus d'Inde pour leur pélerinage. L'un d'eux se met à rechercher sa sœur, une certaine Virou, que les Musulmans auraient capturée en 1947. Le passé refait brusquement surface...