L'école expérimentale de Bonneuil dans la banlieue parisienne est animée par Maud Mannoni ; spécialiste de la psychanalyse d'enfants, membre de l'Association Internationale de Psychanalyse. Cette école, créée en 1969, accueille en effet des enfants psychotiques qui rencontrent de sérieuses difficultés d'adaptation et ne peuvent pas suivre les filières habituelles d'éducation et d'enseignement. D'abord considérée comme marginale par les structures administratives, l'Ecole de Bonneuil est devenue, en 1975, hopital de jour agrée par la Sécurité Sociale. Mais Bonneuil a encore évolué. Maud Mannoni a fait appel aux milieux agricoles et artisanaux de province pour recevoir des enfants du centre. Secrète enfance s'attache tout particulièrement à cette nouvelle expérience en rendant compte de la vie de quatre enfants et adolescents accueillis hors de Bonneuil. Parallèlement à ces récits, d'autres enfants donnent leur point de vue sur tel ou tel aspect de la pratique thérapeutique de l'Ecole de Bonneuil. Enfin, des parents racontent les difficultés qu'ils ont rencontrés depuis la naissance de leurs enfants.